2007年5月太湖蓝藻暴发，水源地水体遭受严重污染，引发周边地区近百万居民供水危机。党中央、国务院高度重视，温家宝总理明确指出：“要把治理‘三湖’作为国家生态环境建设的标志性工程，……坚持不懈地把‘三湖’整治好。”

由于公司长期从事生态环境的综合治理研究，2009年7月受国家发改委委托,公司承担《太湖流域水环综合治理总体方案研究》编制工作，成为国家发改委重要的技术支撑单位。公司组织大量人员，认真总结了太湖水污染治理的经验教训，分析了大量基础资料，厘清了水污染现状和存在的主要问题；按照科学发展观的要求，明确了分阶段治理的目标和任务，提出了12个方面的综合治理措施：保障饮水安全、制定更严格的排放标准、工业点源治理、城乡污水处理和垃圾处置、面源污染治理、改善水环境引排工程、调整产业结构、生态修复、河网综合整治、节水减排、监管体系建设以及提高科技支撑能力等。该成果 2008年5月国务院批复，成为太湖流域水环境综合治理的指导性文件。同时，国家发展改革委采纳公司建议，牵头建立了太湖流域水环境综合治理省部际联席会议制度，完善了两省一市人民政府和有关部门共同治理太湖流域水环境工作的协调机制。

2013年，受国家发展改革委委托，公司对太湖流域水环境综合治理总体方案进行修编。使治理方案继续成为太湖流域水环境综合治理的指导性文件。

该成果获国家发改委优秀研究成果二等奖。